Sim, o seu condomínio pode fazer essa proibição, mas essa regra deve ser aprovada por todos os moradores, e não apenas pelo síndico!
A maioria dos condomínios criam essa regra para trazer mais segurança, o que de fato é uma justificativa plausível.
Ao meu ver, uma forma de regulamentar essa questão para não proibir a entrega na porta, é que o condomínio faça um cadastro do entregador para controle e no caso de encomendas de grande volume (exemplo: entrega de um sofá), pedir que o morador acompanhe o entregador.